Molekularpathologie

Molekularpathologie Leistungen

Leistungsspektrum (Liste)

Next Generation Sequencing

Unter dem Begriff des Next Generation Sequencing werden verschiedene Verfahren zusammengefasst, die es ermöglichen gleichzeitig an verschiedenen Proben verschiedene genomische Bereiche zu sequenzieren. Dadurch lassen sich, je nach verwendeter Methode, Mutationen, kurze Deletionen und Insertionen, Exon Skipping Events, Fusionen, Kopienzahlveränderungen, Expressionslevel und Genomic Scars nachweisen. Die Verfahren bieten zudem eine gute Sensitivität. In allen Verfahren werden sogenannte Libraries hergestellt, sie enthalten die genomischen Bereiche von Interesse, jeweils gekoppelt an spezielle Adapter die zur Sequenzierung auf den illumina Geräten (MiSeq und NextSeq) geeignet sind.

Abhängig von der Anforderung verwenden wir diese Verfahren:

Fokussierte QIAseq targeted DNA Panel setzen wir zur Bestimmung von Mutationen, kurzen Deletionen und Insertionen sowie dem MET Exon 14 Skipping Event ein. Bei dem QIAseq targeted DNA Verfahren von QIAGEN handelt es sich um ein zielgerichtetes Verfahren. Zur Anreicherung der Zielsequenzen mittels PCR wird je ein spezifischer Primer und ein universeller Primer eingesetzt. Außerdem werden die Ausgangsmoleküle mit identifizierenden Sequenzen versehen, die es ermöglichen PCR Artefakte zu minimieren. Das Verfahren verwenden wir zu Detektion von Mutationen, kurzen Deletionen und Insertionen sowie Exon Skipping Events, sofern diese auf einer Veränderung der Spleißregionen auf DNA Ebene begründet sind.

Um Fusionen, aber auch Mutationen zu bestimmen verwenden wir verschiedene Archer FusionPlex® Panel. Dabei wird RNA zunächst in cDNA umgeschrieben um dann mittels Gen-spezifischer Primer im Anchored Multiplex Verfahren die Zielbereiche anzureichern. Es ermöglicht die genaue Charakterisierung von Fusionen, somit kann geklärt werden, ob es sich um eine funktionelle Fusion handelt. Dies ist mit der FISH Analyse von Translokationen nicht möglich.

Im Rahmen des molekularen Tumorboards wenden wir das TruSight Oncology 500 Panel von illumina an. Die Hybrid Capture Methode nutzt Baits um Zielbereiche von über 500 Genen anzureichern. Es wird DNA als auch RNA eingesetzt um Mutationen, kurze Deletionen und Insertionen, Fusionen, Exon Skipping Events aber auch Kopienzahlveränderungen und die Tumormutationslast zu bestimmen.

FISH – Fluoreszenz in situ Hybridisierung

Die FISH Analyse dient uns zum Nachweis von Translokationen, Deletionen oder Amplifikationen. Klinisch-pathologisch verwenden wir die FISH als prognostischen Test, zur Artdiagnose von Tumoren sowie als prädiktiven Biomarker. Fluoreszensmarkierte DNA-Sonden werden auf Gewebeschnitte oder zytologische Präparate aufgetragen.

Die Sonden binden spezifisch an chromosomale Regionen und ermöglichen durch das Sondendesign den Rückschluss auf ein Vorliegen der genannten Aberrationen.

Die Auswertung ist unseren ausgebildeten Mitarbeitern vorbehalten.